항원 테스트 면봉은 SARS 서열 분석을 위한 비인두 면봉과 ​​유사합니다.

Scientific Reports 13권, 기사 번호: 11255(2023) 이 기사 인용

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바이러스 게놈 감시는 SARS-CoV-2 전염병에 대한 전 세계적 대응에 필수적이었습니다. 감시 노력은 진행 중인 테스트 활동에서 대표적인 임상 표본의 가용성에 의존합니다. 그러나 급속 항원 검사의 광범위한 가용성과 사용으로 인해 최근 검사 관행이 바뀌어 향후 모니터링 노력에 공백이 생길 수 있습니다. 따라서 게놈 감시 전략은 샘플 유형에 강력한 실험실 작업 흐름을 포함하도록 조정되어야 합니다. 이를 위해 우리는 양성 BinaxNOW 코로나19 항원 카드 면봉(N = 555)의 샘플을 사용하여 RT-qPCR 및 바이러스 게놈 시퀀싱 결과를 핵산 증폭 테스트에 사용된 비인두(NP) 면봉에서 얻은 결과(N = 555)와 비교합니다. 135). 우리는 항원 카드에서 얻은 면봉이 NP 면봉의 샘플과 성능이 비슷하여 실행 가능한 대안을 제공하고 외래 진료소 및 신속한 항원 검사가 자주 사용되는 기타 환경으로 바이러스 게놈 감시를 잠재적으로 확장할 수 있음을 보여줍니다.

코로나바이러스 질병 2019(COVID-19)는 새로운 변종 추적, 전파 이해, 바이러스 진화와 질병 전염병학의 변화 연결, 진단 도구 설계 및 평가, 백신 효능 예측을 위한 지속적인 테스트 및 바이러스 게놈 감시의 중요한 공중 보건 역할을 강조했습니다. 바이러스 다양성의 맥락1,2. 중증급성호흡기증후군 코로나바이러스 2(SARS-CoV-2)로 인한 코로나19는 세계보건기구(WHO)3에 따르면 전 세계적으로 약 7억 6천만 명의 확인 사례와 690만 명의 사망자를 기록했습니다. 대유행 전반에 걸쳐 SARS-CoV-2 게놈 진화로 인해 전염성, 질병 심각도 및 면역 탈출 능력이 향상된 새로운 변종이 지속적으로 출현했습니다4,5,6. 20207년 1월에 최초의 SARS-CoV-2 게놈 서열이 공개된 이후 GISAID(Global Initiative on Sharing All Influenza Data) 데이터베이스8를 통해 1,500만 개 이상의 서열이 공유되었으며, 700만 개 이상의 뉴클레오티드 서열이 미국 국립 센터(National Center for Center)에 기탁되었습니다. SARS-CoV-2 바이러스 진화를 모니터링하려는 전례 없는 노력으로 인해 생명공학 정보(NCBI)(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sars-cov-2/)(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sars-cov-2/)에 대한 접근 방식이 영구적으로 바뀌었습니다. 전 세계적으로 병원체 게놈 감시.

SARS-CoV-2 게놈 서열 분석 접근법은 핵산 증폭 검사(NAAT)의 양성 진단 샘플에 가장 널리 적용되었습니다. 표준이자 가장 널리 사용되는 NAAT는 실시간 역전사 중합효소 연쇄 반응(RT-PCR)입니다. 바이러스 시퀀싱 접근 방식과 RT-PCR 모두 바이러스 게놈 물질을 직접 증폭하므로 수집 방법과 시약 및 다운스트림 프로토콜이 겹쳐서 게놈 감시에 유용한 접근 방식이 됩니다. RT-PCR이 팬데믹 초기에 가장 널리 사용된 접근 방식이었기 때문에 이는 효과적인 접근 방식이었습니다.

그러나 테스트 환경은 팬데믹 기간 동안 가장 일반적으로 사용되는 항원 기반 측면 흐름 테스트(LFT)인 신속 진단 테스트(RDT)로 상당히 전환되었습니다. 현재 전 세계적으로 400개 이상의 SARS-CoV-2 상용 RDT가 있으며9,10, 몇몇 항원 기반 LFT는 미국의 긴급 사용 승인(EUA)을 통해 일반 가정 검사용으로 승인되었습니다11. 항원 기반 분석은 PCR 증폭 단계 없이 특정 바이러스 단백질이나 바이러스를 직접 검출합니다12. 학교, 진료소 및 가정 환경에서 광범위하게 적용할 수 있는 LFT의 다양성으로 인해 사용이 크게 증가했습니다. 또한, 코로나19 탐지율을 높이기 위한 노력의 일환으로 미국은 우편 주문을 통해 LFT를 무료로 이용할 수 있도록 했으며, 이후 2022년 3월 현재 2억 7천만 개가 넘는 테스트 키트를 배포했습니다.13 항원 기반 LFT의 민감도는 특히 다음과 같은 경우 NAAT보다 상대적으로 낮습니다. 바이러스 수치가 낮거나 무증상 감염의 경우9,14,15,16,17,18; 그러나 증상이 있는 개인에게 발병 후 5~7일 이내에 사용하면 이 검사는 99.2% 민감도와 100.0% 특이도를 달성할 수 있습니다19. NAAT와 비교할 때 LFT는 RT-qPCR Ct 값 ≤ 33주기20,21,22에 해당하는 바이러스 부하로 잘 수행됩니다.